L’ETB est une association à but non lucratif de droit français. Elle est composée d'instances politiques et techniques :
- L’Assemblée Générale réunit les représentants et représentantes de tous les membres de l’association. Elle définit les orientations générales, les objectifs et les programmes de l’association.
- Le Comité Directeur dirige l’association. Il est constitué de neuf membres allemands, neufs membres suisses et neuf membres français. Le Comité Directeur élit un bureau trinational composé du président et de deux vice-présidents.
- Le Conseil Consultatif est composé de 20 membres suisses, 15 membres français et 15 membres allemands titulaires d’un mandat politique dans leur pays. Il a la possibilité de formuler des résolutions, des motions et des prises de position auprès du Comité Directeur et est régulièrement informé sur les activités de l’association.
- Le Comité politique 3Land est constitué des représentants élus qui prennent des décisions sur les orientations et le financement du projet 3Land au niveau politique et administratif.